La colección de insectos que dispone el MUBI tiene más de 150 mil ejemplares, preservados de distintas maneras. La mayoría de los ejemplares proviene de la región del Cusco y sur del Perú, además cuenta con ejemplares de otras regiones del país especialmente amazónicas y de otros lugares del planeta. La colección está conformada mayormente por hormigas, además presenta una importante cantidad de Coleoptera Scarabaeoidea y mariposas andino tropicales Lepidoptera Rhopalocera y representantes de casi todos los órdenes de insectos neotropicales y otros artrópodos; además de material tipo y artesanal. La mayoría de este acervo científico proviene de estudios ecológicos, en sistemática y biogeografía. También nuestra especialidad promueve actividades educativas tendientes a su preservación y su valorización social en emprendimientos de econegocios, como proyección a nuestra comunidad.